Устанавливаем пакет mutagen (есть в репозитариях большинства дистрибутивов):
urpmi mutagen
Открываем папку со своей музыкой, и коммандуем в ней следующую конструкцию:
find -iname '*.mp3' -print0 | xargs -0 mid3iconv -eCP1251 --remove-v1